賓茂國小前身有二，一為設立於明治41 年（1910 ）的「虷仔崙教育所」。大正三年（1914 ）改為台東廳太麻里地區「虷子崙公學校」，昭和13 年改校名為「金崙公學校」，台灣光復後校名不改，校址不變，位於太麻里鄉。民國42 年併入金峰鄉的「賓茂國民學校」。

另一為設立於大正元年（1912 ）12 月1 日，隸屬於台東廳大武支廳的「雨沐番童教育所」，位於今「都飛魯溫泉」北邊，海拔約600 公尺的大武山麓。光復後改名「賓茂國民學校」，位於金山鄉（今金峰鄉）。首任校長為章博隆。民國41 年校長吳提書奉命隨村遷校至現址。民國42 年太麻里鄉的金崙國民學校併入本校。

民國57 年推展國民義務教育，校名易為「台東縣立賓茂國民小學」。

民國75 年歷坵國民小學因減班而裁為本校之分校，82 年降為歷坵分班；再於84 年裁分班併入本校。